Имхо, надо Вам с ним поговорить по душам, обсудить, что, почему и как. Причины двоек могут быть самыми разнообразными-влюбился, не получается данный предмет, с учителем отношения не сложились, проблемы с одноклассниками... причин может быть куча, стоит в них разобраться, прежде чем наказывать.